ANALYTIKA VE FARMACII
Purifikace oligonukleotidů Kromě portfolia pro analýzu oligonukleotidů nabízí Agilent také celé řešení pro jejich purifikaci. Uživatel může volit purifikační systém v širokém rozsahu od analytického měřítka až po preparativní. Kromě samotné instrumentace jsou k dispozici také kolony, software a hotové metody [9–11]. Preparativní systémy jsou samozřejmě v bioinertním nebo biokompatibilním provedení jako Agilent 1260 Infinity II Bio-Inert nebo 1290 Infinity II Bio LC.
hou vznikat pouze určité typy fragmentů (obr. 4). Software BioConfirm vypočte sumární vzorce všech předpokládaných fragmentů z dané sekven- ce, tyto fragmenty potom cíleně hledá v MS/MS spektru a zobrazí jejich detekci na tzv. Fragment confirmation ladder (obr. 4). Na základě toho je kvantifikováno pokrytí sekvence (obr. 5) a jsou zjištěny strukturní modi- fikace sekvence i v situaci, že celková molekulová hmotnost je identická. Postup pro konfirmaci sekvence oligonukleotidu naleznete na schématu na obr. 6. Podrobnosti naleznete v aplikační poznámce [8].
Obr. 3: Zobrazení výsledků Target Plus Impurities (TPI) analytického postupu v MassHunter BioConfirm 12.0
Obr. 4: A) Nomenklatura fragmentace oligonukleotidů B) Anotace oligonukleotidů (Fragment confirmation ladder). Barvy písmen reprezentují různé typy fragmentů identifikované a označené v MS/MS spektru
Obr. 5: Příklad LC/MS/MS spektra 20-meru and 21-meru RNA se zobrazením nalezených typů fragmentů
19
CHEMAGAZÍN • 5 / XXXIII (2023)
Made with FlippingBook - professional solution for displaying marketing and sales documents online